10X Visium上游定量过程***
空间单细胞的上游定量流程（spaceranger，10x技术）
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/?view=run_browser&page_size=10&acc=SRR19996402&display=data-access
下载的文件是 bam 问题
image.png
这种就是 bam 文件， 虽然有 .sra文件，但是不能直接 dump成 fastq 文件。要下载 bam.bam.1 结尾的 bam文件。 然后用 spaceranger 转成 fastq 文件。
spaceranger bamtofastq --nthreads 24 /home/106/spaceRanger/datasets/SRR17209009_1/acute_case_2.possorted_genome_bam.bam.1 ./fastq --traceback
参考
10X bam 文件转 fastq***
10X的bam文件转换为fastq文件***
为什么有些时候prefetch下载不只一个sra文件_prefetch结束下载-CSDN博客
为什么fastq-dump处理单细胞sra文件后始终只能得到一个fastq文件？ - 知乎
一次曲折且昂贵的单细胞公共数据获取与上游处理-腾讯云开发者社区-腾讯云
